Los centros teológicos de la Diócesis cuentan con una biblioteca de más de 80.500 volúmenes, que están divididos entre sus dos sedes, una en el Seminario y otra en el Centro Diocesano Cister. El centro colabora, además, con la Red de Bibliotecas Universitarias y la Asociación de Bibliotecas Eclesiásticas. 

Ambas sedes cuentan con amplias salas de lectura para uso de los estudiantes de las diferentes especialidades. 

La sección del Seminario Diocesano de Málaga consta de 462 metros cuadrados, de los cuales, 147 metros pertenecen al depósito, y el resto a la Sala de Consultas, que cuenta con cerca de 4.500 ejemplares entre manuales, diccionarios y libros de diferentes materias. 

Además de los libros, el depósito también alberga revistas especializadas y una gran colección de mapas y láminas de mediados del siglo XX, en su mayor parte alemanas. También cuenta con el archivo musical de la antigua Schola Cantorum del Seminario Diocesano. 

En la Sala de Revistas se muestran los últimos números de las más de treinta publicaciones periódicas que se reciben: Actualidad Bibliográfica, Actualidad Catequética, Concilium, Diálogo Ecuménico, Ecclesia, Ephemerides Mariologicae, Estudios Bíblicos, Estudios Eclesiásticos, Estudios, Frontera Hegian, Goya Revista de Arte, Homilética, Iglesia Viva, La Ciudad de Dios, Manresa, Miscelanea Comillas, Noticias Obreras, Pastoral Ecuménica, Pensamiento, Phase, Proyección, Razón y Fe, Reseña Bíblica, Revista de Espiritualidad, Revista de Fomento Social, Sal Terrae, Selecciones de Teología, Seminarios, Studium, Surge, Teología Espiritual, Teresa de Jesús y Vida Nueva.  

Por su parte, en la sala de lectura de los centros teológicos hay 478 ejemplares de los cuales 39 fueron añadidos en 2021.  

Junto a la posibilidad de consulta presencial en las instalaciones de la biblioteca, los alumnos también pueden realizar consultas a través de correo electrónico. Además, la biblioteca dispone de dos accesos OPAC cuyo enlace se inserta en la página web del centro, al que también se puede acceder desde la página oficial de la Diócesis de Málaga.